Købmand Nellemann Larsen fik stillingen som den første organist i Drejø Kirke ca. 1950. Han betalte selv det 1. orgel, som han forærede Kirken, da han stoppede o 1980. Der blev gjort flere tiltag til at finde en ny organist. I mange år var Kirken derfor uden musikledsagelse. Flere blev sendt på orgelkursus for om muligt at overtage stillingen, hvilket først lykkedes med sygeplejerske Karen Mariekom i 1992. Det gamle udtjente orgel var utæt, og menighedsrådetret begyndte derfor at spare sammen til et rigtig orgel med orgelpiber. Der kom et godttilbud o. 1993-94 fra en Kirke i Kbh. (vist nok Lyngby?), som havde et mindre orgel til salg (desværre uden bastoner). Menighedsrådet købte det, og det er det, vi stadig har. Karen Marie rejste fra øen i 2003, og kirken har siden været med i en "organistbank" med skiftende organister.
I forbindelse med Kirkens store renovering i 2009, blev det besluttet at købe nye baspiber.
Nellemann`s gamle orgel opbevaret i graverhuset til Kirken